Multidisipliner bilim ekibinden malign melanomun erken tanısına yönelik önemli proje

Ege Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü öğretim üyesi Doç. Dr. Ayşe Caner’in yürütücülüğünü yaptığı “Melanomun Erken Tanısı, Displastik Nevüslerden Ayrımı İçin Deri ve Kan Örneklerinde Mikrobiyota ile Lipid Profillerinin Rolü” başlıklı proje, TÜBİTAK- ARDEB 1001-Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Projelerini Destekleme Programı kapsamında desteklenmeye uygun bulundu.

Proje ekibini makamında ağırlayarak tebrik eden Ege Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Necdet Budak, “Ülkemizin tam akreditasyona sahip, öğrenci odaklı, öncü bir araştırma üniversitesi olarak, TÜBİTAK’taki liderliğimizi sürdürüyoruz. Bir kültüre dönüştürerek sürdürülebilir hale getirdiğimiz Ar-Ge, inovasyon ve araştırma ekosistemimiz meyvelerini vermeye devam ediyor. Multidipliner konsepte hazırlanan projelerimiz TÜBİTAK başta olmak üzere hem ulusal hem de uluslararası değerlendirme ve fonlama kuruluşları tarafından destek almayı sürdürüyor. Hazırladıkları proje ile araştırma geliştirme vizyonumuza nitelikli katkı sunan Ege Tip fakültesi Parazitoloji AD ve Sağlık Bilimleri Enstitü, Temel Onkoloji AD öğretim üyesi Doç. Dr. Ayşe Caner’i ve proje ekibini tebrik ediyor, başarılarının devamını diliyorum” diye konuştu.

Araştırmanın detayları ile ilgili bilgi veren proje yürütücüsü Doç. Dr. Ayşe Caner, “Melanom, malign deri tümörü olup son yıllarda insidansı giderek artış göstererek ve en ölümcül deri kanseri olması nedeniyle önemli bir sağlık problemidir. Melanomda prognoz ve sağ kalım oranları hastalık evresi ile doğrudan ilişkili olup lezyonların erken tanı ve tedavisi hayati önem taşıdığından melanomun erken tanısı için biyobelirteçlere ihtiyaç duyulmaktadır. Diğer yandan Displastik Nevüslerin (DN) melanomu taklit edebildiği, melanom prekürsörü olabileceği ve melanom gelişme riskini artırabildiği bilinmektedir. DN’den melanom gelişimine neden olan faktörler ve moleküler patogenez net olarak bilinmediği için bu alanda daha çok yeni çalışmalara ihtiyaç vardır. Klinik olarak melanom şüphesi veya riski nedeniyle her DN’nin eksize edilmesi yönünde eğilim bulunmaktadır. Bu durum gereksiz bir iş yüküne, maliyete, hastalarda kaygıya ve çoklu lezyonları olanlarda skarlar nedeniyle kozmetik sorunlara da yol açabilmektedir. Bu anlamda klinisyenin rutin muayenesi sırasında yol gösterecek, erken evrede melanomu tespit edebilecek, nevüs ve melanom ayrımını yapabilecek, gereksiz cerrahinin önüne geçerek sağlık maliyetlerini azaltacak, ayrıca malign dönüşüm mekanizmalarına dair yeni veriler sunabilecek yeni verilere ve noninvazif biyobelirteçlere ihtiyaç vardır” dedi.

   “Literatürde kanser ve kan mikrobiyotası ile ilgili çalışmalar çok sınırlı”

Günümüzde, mikrobiyota değişikliklerinin, kanserin gelişmesi ve büyümesi ile ilişkili olduğu ve tedaviye yanıtı etkileyebildiğinin ortaya konulduğunu ifade eden Doç. Dr. Ayşe Caner, “Bunun yanında, insan deri mikrobiyotası ile deri kanserleri arasındaki bağlantı hakkında çok az şey bilinmektedir. Melanom deri sürüntü örneklerinde bakteriyel mikrobiyota ile ilgili az sayıda çalışma bulunmakta birlikte bunların çoğu in vivo/in vitro çalışmalardır. Ayrıca derideki mantarlar ve parazitleri içeren ökaryotik mikroorganizmaların mikrobiyotası üzerine herhangi bir çalışma bulunmamaktadır. Öte yandan klasik olarak steril olarak kabul edilmesine rağmen kan mikrobiyotası ise yeni ve üzerinde çok az çalışılmış bir kavram olup son zamanlarda oldukça dikkat çekmeye başlamıştır. Kan mikrobiyotasının vücut bölgelerinden translokasyon ile kaynaklandığı, özellikle de insan deri ve ağız mikrobiyotasına ait mikrobiyal DNA’ları paylaştığı gösterilmiştir. Epitel bariyer değişiklerin kana transloke olan mikrobiyal popülasyonlarda önemli rolleri olduğu rapor edilmiştir. Bu nedenle, dolaşımdaki mikrobiyal popülasyonlarının ve varyasyonlarının, hastalıkların teşhisi için önemli bir biyobelirteç olabileceği belirtilmektedir. Ancak, literatürde kanser ve kan mikrobiyotası ile ilgili çalışmalar çok sınırlı sayıdadır” diye konuştu.

Doç. Dr. Ayşe Caner, “Son yıllarda lipidlerin kanser gelişimine ve progresyonuna ait etkileri ortaya konulmaya başlandıkça bu konuya olan ilgi giderek artmaya başlamıştır. Çalışmalar, lipidlerin, kanser hücrelerinin çoğalmasına, metastazına ve anjiyogenezine katıldıkları, kanser gelişimi ve ilerlemesi ile ilişkili olduğunu bildirmiştir. Kanserdeki biyobelirteçlerin keşfinde, sağlık ve hastalık durumunun lipid profilinin karşılaştırılması en önemli uygulamalardan biridir. Anormal hücresel lipid miktarı ve bileşiminin, kanserin başlamasına ve gelişmesine katkıda bulunan hücresel fonksiyonlardaki değişikliklerle ilişkili olduğu bildirilmiştir. Ayrıca çalışmalardan elde edilen veriler lipidler ve mikrobiyota arasındaki ilişkinin önemini belirtmişler ve lipidlerin konakçı fizyolojisi üzerindeki etkilerinin mikrobiyotaya bağlı olduğunu ortaya koymuştur” dedi.

“Gönüllülerden yüzeysel deri ve kan örnekleri toplanacak”

Bilimsel çalışmanın amaçlarından bahseden Doç. Dr. Ayşe Caner, “Projemizin amacı melanomun erken tanısı ve DN’den ayırımında kan ve derideki lipidler ve mikrobiyal popülasyonlardaki değişikler ile noninvazif biyobelirteçlerin tanımlanması, epitel bariyer değişiklikleri ile deri mikrobiyotasının kana translokasyonun belirlenmesi, lipidlerin ve mikrobiyotanın melanom gelişim mekanizmasında rollerinin gösterilmesidir. Bu amaçla, in situ, evre I ve II melanom lezyonları olan hastalar, DN ve benign nevus (BN) olan kişiler çalışmaya dahil edilecektir. Her bir gönüllünün yüzeysel deri örnekleri ve kan örnekleri toplanacaktır. Bu örneklerde deri/kan mikrobiyotası ve lipid profilleri araştırılacak, özellikle kana transloke olan hem bakteri hem de ökaryotik mikroorganizmaların analizleri gerçekleştirilecektir. Sekans sonrasında elde edilen veriler kontrol ve filtrelerden sonra BLAST algoritması ile eşleştirilecektir. Metagenomik analizler ile istatiksel en anlamlı olarak belirlenen mikroorganizmalardan 4-6 tanesi seçilecek ve farklı bir deney grubunda bu mikroorganizmaların DNA’ları PCR yöntemi ile valide edilecektir. Lipidomik analizleri için lipid izolasyonu gerçekleştirilecektir. Elde edilen ekstraklar hızlı bir vakumlu santrifüj ile kurutularak liyofilize edilecektir. Bu liyofilize örnekler Güney Kore, Yonsei Üniversitesi, Kimya bölümüne lipid analizi için gönderilecektir. Elde edilen lipidler, tanımlanacak ve potansiyel lipid belirteç adaylarını taramak için lipid türlerinin sayısallaştırılmış sonuçlarıyla istatistiksel analizler gerçekleştirilecektir. Daha sonra elde edilen veriler, mikrobiyota ve klinik veriler ile karşılaştırılmalı olarak analiz edilecektir” diye konuştu.

Multidisipliner ve uluslararası araştırma grubu

Projenin; dermato-onkologlar, patolog, moleküler onkolog, moleküler biyologlar, biyoinformatikciler ve kimyacılardan oluşan multidisipliner bir araştırma grubu tarafından gerçekleştirileceğini vurgulayan Doç. Dr. Ayşe Caner, Yonsei Üniversitesi’nden lipidomik konusunda oldukça deneyimli bir  kimyagerin araştırmacı olarak görev alacağını ifade etti.

Yürütücülüğünü Doç. Dr. Ayşe Caner’in yaptığı projede Prof. Dr. Işıl Karaarslan, Prof. Dr. Myeong Moon, Doç. Dr. Nilay Duman, Dr. Öğr. Üyesi Ufuk Mert, Öğr. Gör. Dr. Umut Şahar araştırmacı olarak Doç. Dr. Banu Yaman ve Dr. Öğr. Üyesi Yasin Kaymaz ise danışman olarak yer alıyor.